Một thời gian sau, một số thành viên của Fairy Tail, trong đó có Natsu, Lucy tham gia vào kỳ thi lên pháp sư cấp S (cấp bậc cao nhất của Fairy Tail, cho phép người sở hữu tham gia trong các nhiệm vụ cực kỳ nguy hiểm) trên mảnh đất linh thiêng Tenroujima (Thiên Lang đảo). Trong kỳ thi, hội bóng tối Grimoire Heart đứng đầu là Hội trưởng Hades (nguyên là hội trưởng đời thứ hai của Fairy Tail) bất ngờ xuất hiện với mục đích tìm kiếm Zeref – kẻ lúc này đang ở trên đảo. Với sự hỗ trợ của Laxus, Fairy Tail đánh bại Grimoire Heart. Cùng lúc này Zeref giết Hades, tuy nhiên sự kiện này đã vô tình triệu hồi rồng đen Acnologia, Acnologia nhanh chóng tấn công đảo. Linh hồn của người sáng lập Fairy Tail, Mavis Vermilion, đã bảo vệ tất cả mọi người trên đảo trước sự tấn công của Acnologia bằng một phép thuật phòng thủ, đóng băng bọn họ trong thời gian bảy năm.
Bạn đang đọc: Cốt truyện Fairy Tail
Bảy năm sau, Fairy Tail bây giờ đã trở thành hội yếu nhất ở Fiore. Với sự trợ giúp của các Hội đồng minh, các thành viên còn lại đã tìm đến đảo Tenrou và đánh thức nhóm Natsu, Fairy Tail chính thức trở lại và cho Laxus quay lại hội. Một thời gian sau Fairy Tail tham gia Đại hội Pháp thuật, giải đấu hàng năm, để quyết định hội mạnh nhất Fiore. Cùng tham gia vào giải đấu là Sabertooth (hội mạnh nhất hiện nay với hai Dragon Slayers là Sting Eucliffe và Rogue Cheney), Raven Tail lãnh đạo bởi Ivan, con trai của Makarov và Lamia Scale, Blue Pegasus, Quatro Cerberusl, Mermaid Heell. Đồng thời Arcadios, đội trưởng của quân đội hoàng gia đang có kế hoạch mở cổng ma thuật Eclipse bằng cách sử dụng 12 chìa khóa Zodiac (Hoàng đạo), mục đích đi ngược thời gian và tiêu diệt Zeref trước khi ông ta trở thành một mối đe dọa. Jellal, lúc này đã vượt ngục và lập Hội trung lập Crime Sorcèrie với Ultear, Meredy, đang truy tìm nguồn gốc của sức mạnh phép thuật bí ẩn xuất hiện mỗi năm tại dây. Sau khi Natsu đánh bại Song Long của Sabertooth và vươn lên ngôi đầu bảng,hội trưởng Sabertooth – Jiemma đã tức giận trừng phạt Sting và Rogue, sử dụng phép thuật để giết Lector-chú mèo của Sting,điều này đã khiến Sting tức giận và đánh bại Jiemma,khi đó Minerva-con gái của Jiemma và cũng là nữ pháp sư mạnh nhất Sabertooth đã tới và tuyên bố Sting sẽ lên làm hội trưởng,cô cũng tiết lộ rằng cô đã dịch chuyển Lector sang 1 chiều không gian khác và ra lệnh Sting phải giúp Sabertooth chiếm lại ngôi vô địch trong ngày cuối cùng,và Sting đã đồng ý.Tới ngày cuối cùng của Grand Magic Games,các thành viên Fairy Tail đã giao chiến với các hội khác, trong khi Natsu và đồng đội tới giải cứu Lucy, sau khi đụng độ gần hết các đối thủ,các thành viên Fairy Tail đã tiến đến những trận chiến quyết định,Laxus vs Orga của Sabertooth nhưng Jura lại xuất hiện và đánh bại Orga,Gray sau khi đã đánh bại Rufus đã hợp lực cùng Juvia để chiến đấu với Lyon và Chelia,Erza gặp và đụng độ với Kagura, khi trận chiến đang đi tới đỉnh điểm,Minerva đã xen giữa và cuộc chiến,tạo nên 1 cuộc chiến tay 3,sau đó Minerva đã sử dụng Millianna làm con tin và ép Erza phải chiến đấu với Kagura,còn ả thì bỏ đi,sau khi chiến đấu và khám phá ra danh tính thật sự của Kagura,Erza đã chiến thắng và cứu mạng được Kagura nhưng cái giá phải trả là cô bị thương ở chân, Kagura cũng đã bị Minerva đánh lén, Minerva đã cướp điểm và đưa Sabertooth lên ngôi đầu bảng,ả tuyên bố rằng Sabertooth sẽ chiến thắng và trở thành hội mạnh nhất,do bị thương Erza đã bị Minerva áp đảo hoàn toàn,ả vui vẻ tra trấn Erza và tuyên bố rằng cô sẽ không bao giờ có thể đánh bại được ả, tuy nhiên Erza đã nhìn thấu được ma thuật không gian của Minerva và chém ả 1 nhát chí mạng,Minerva tức giận tấn công Erza nhưng cái mà ả phải nhận lại là những cú đánh điếng người,Erza đã mở bình năng lượng thứ 2 và tung ra con át chủ bài-Nakagami chiến giáp,với sức mạnh mới, Erza dễ dàng hóa giải những đòn đánh của Minerva,sợ hãi và bất ngờ, Minerva hỏi rằng vì sao Erza vẫn còn mạnh như vậy ? Erza đã trả lời rằng do ả ta đã làm tổn thương quá nhiều người mà cô yêu thương và tuyên bố rằng ả sẽ phải gánh chịu toàn bộ hậu quả cho những việc mà mình đã gây ra,run rẩy trong sợ hãi, Minerva khóc lóc van xin Erza dừng lại,nhưng đã quá muộn,sau 1 đòn đánh không khoan nhượng,Minerva đã gần như trần truồng,lăn lộn dưới đất trong thảm bại-theo một cách nhục nhã nhất mà ả phải chịu đựng,vị tiểu thư Sabertooth thua cuộc,thảm bại rên rỉ trên mặt đất,đặt dấu chấm hết cho chuỗi ngày dài ảo tưởng của mình,cùng lúc đó Laxus đã đánh bại Jura,Gray và Juvia chiến thắng Lyon và Chelia,Fairy Tail đã ở rất gần với chiến thắng,ngay lúc đó,Sting xuất hiện và tuyên bố sẽ đánh bại tất cả vì Lector,nhưng đến cuối cùng cậu ta lại bỏ cuộc,chứng kiến cảnh đó,Minerva đã khóc trong cay đắng và nhục nhã,Fairy Tail chiến thắng Grand Magic Games, trở thành Hội mạnh nhất Fiore.
Sau khi Grand Magic Games kết thúc, mọi người nhận được tin báo rằng có 1 bầy hàng trăm con rồng đang bay tới tấn công lâu đài. Các pháp sư và lãnh đạo hoàng gia đã quyết định sử dụng cánh cổng Eclipse (Nhật Môn) tiêu diệt bầy rồng đó, nhưng thực chất cánh cổng đó lại dẫn bảy con rồng từ quá khứ 400 năm trước về hiện tại. Kẻ đã lập nên âm mưu này là Rogue đến từ tương lai. Hắn có ý định sử dụng bảy con rồng đó để đánh bại Acnologia và thống trị thế giới. Song âm mưu đó không thực hiện được vì 7 sát long (Natsu, Gajeel, Wendy, Sting, Rogue, Laxus và Cobra) cùng các pháp sư đã ngăn chặn âm mưu của Rogue tương lai. Trong trận chiến, một vài pháp sư đã bị giết. Ultear đã sử dụng thần chú quay ngược thời gian lại 1 phút và đã xoay chuyển tình thế, đổi lại cô ấy đã phải trả cái giá đắt cho 1 phút đó là cô già đi. Khi đang chiến đấu, Natsu đã khiến một con rồng lửa là Atlas Flame thoát khỏi bùa chú của Rogue và sát cánh cùng Natsu. Natsu sau đó đã cùng Atlas Flame tấn công Rogue tương lai và phá huỷ cánh cổng Eclipse, khiến cả bảy con rồng quay về quá khứ 400 năm trước. Trước khi chết, Rogue tương lai đã cảnh báo rằng trong tương lai, Frosch – Exceed của Rogue – sẽ bị giết bởi Gray, khiến cho Rogue trở nên xấu xa và giết Sting để sở hữu thuật sát long của Sting, sau đó quay về quá khứ như hiện tại.
Sau khi thắng lợi về hội, Lucy thấy được trách nhiệm có ghi ” chỉ dành cho pháp sư tinh linh “. Cô rủ Natsu và Happy cùng đi. Sau khi đến khu vực được ghi trên tờ trách nhiệm, cô phát hiện ra là không hề triệu hồi chìa khóa vàng. Crux bỗng hiện ra trong hình dạng bị trói và nói quốc tế tinh linh đang trở nên hỗn loạn và biến mất. Sau đó, cô bỗng gặp 12 tinh linh hoàng đạo trong hình dạng ” biến thể “. Họ công bố sẽ không phục tùng con người nữa. Trên đường về hội, nhóm gặp Hisui và Arcadios. Hisui đã tạo ra những chìa khóa để khắc chế những tinh linh. Đồng thời, Fairy Tail đã phát hiện ra lối vào nơi những tinh linh đang ở. Sau khi đóng được 12 cổng, họ giật mình khi bỗng dưng Open cách cổng thứ 13 – cung Xà Phu. Và sau khi hạ được Xà Phu, bõng Open một sinh vật lạ có năng lực biến con người thành chờm sao. Sau khi hầu hết mọi người đã bị biến thành chòm sao, Natsu và Happy làm liều chui vào bụng sinh vật đó. Họ thấy Tinh linh vương đang bị giam trong đó. Và sau khi cứu được ông ta, tinh linh giới đã trở lại thông thường .Ít lâu sau, Fairy Tail nhận được trách nhiệm từ một Thập thánh pháp sư. Macarov cử nhóm Natsu làm trách nhiệm này. Họ đến được ngôi nhà toàn cây cối và người nhu yếu là người hay đùa tên Warrod Sequen. Nhiệm vụ là đến làng Mặt Trời và phá băng ở đó ra. Khi đến đó, họ chạm trán nhóm thợ săn kho tàng Sylph Labyrinth đến săn bảo vật cấp S – ngọn lửa thần của ngôi làng. Sau khi hạ họ và Flare giật mình Open để trợ giúp, nhóm Natsu lại gặp hắc hội Succubus Eye và Minerva đang ở trong hội đó, ả đã quyết định hành động trả nỗi nhục mà Erza đã gây ra cho ả hồi Đại Hội Ma Thuật. Do bị tác động ảnh hưởng bởi ma thuật của Doriate-1 thành viên của Succubus Eye, Erza đã bị Minerva áp đảo, tuy nhiên về sau Gray đã hóa giải ma thuật, Minerva 1 lần nữa thất bại trước Erza và phải bỏ trốn trong nhục nhã. Sau khi hạ Succubus Eye, Gray rã băng bao trùm quanh làng, họ thấy một ngọn lửa sắp tắt cùng giọng nói của Atlas Flame : ông là ngọn lửa thần của ngôi làng ; nhiều năm về trước, có một pháp sư đã ngừng hoạt động cả ngôi làng. Cuối cùng, Flare tiết lô cô đã được tộc người khổng lồ ở đây nhận nuôi, do thấy mình lạc loài ở đây nên cô quyết định hành động bỏ đi và gia nhập Raven Tail. và sau cuối cô đã sum vầy với mái ấm gia đình. sau khi làm xong trách nhiệm, nhóm trở về nhà của Warrod. Họ hỏi về E.N.D ( thứ họ nghe được sau khi chạm trán với Succubus Eye ) nhưng ông lại chưa nghe gì về nó. Và ông bật mý, ông đã từng là thành viên của Fairy Tail. Về phần Minerva, sau khi thất bại và quay trở lại hội, ả phát hiện ra hàng loạt Succubus Eye đã bị xóa xổ bởi Kyoka-một thành viên của Tartaros, ả sợ hãi van xin Kyoka tha mạng, Kyoka đã sử dụng ma thuật của mình, một luồng sáng lóe lên kèm theo tiếng hét của Minerva, không còn ai rõ số phận của Minerva ra làm sao nữa .Chia tay Warrod chưa lâu thì nhóm Lôi Thần Tộc của Laxus bị vượt mặt bởi một tên quái vật huyền bí tại nhà hàng 8 – Island của Yajima. Cùng lúc đó, Fairy Tail tự khởi xướng một trách nhiệm là bảo vệ những cựu thành viên của Hội đồng Pháp thuật vì hoàn toàn có thể họ sẽ bị giết như 9 người của Hội đồng Pháp Thuật. Loke được triệu hồi để hỏi về địa chỉ của những cựu thành viên. ” Cửu Quỷ Môn ” Tartaros – một hội gồm 9 con quỷ mang tên Etherious do Zeref tạo ra nhằm mục đích để giết chính mình – khởi đầu nổi dậy tìm kiếm hội trưởng E.N.D.